13 maja 1981 roku w czasię audiencji generalnej na Placu św. Piotra w Rzymie turecki zamachowiec postrzelił papieża w brzuch oraz rękę. Zamachowcem okazal się Mehmet Ali Ağca. Celowal on w głowe Jana Pawła, chwile później papież schylił się i wziął małą dziewczynkę na ręce. Mała Sara przysłoniła papieża i Ali Ağca nie mógł precyzyjnie wycelować. Ranny papież został poddany 6-cio godzinnej operacji. Nigdy już nie odzyskał pełni zdrowia. Jan Paweł II następująco skomentował swoje ocalenie: „jedna ręka strzelała, a inna kierowała kulę”. Po zamachu papamobile został dodatkowo opancerzony. W pierwszą rocznicę zamachu papież udał się do Fatimy, była to jego 11-ta podróż apostolska, aby podziękować Matce Boskiej za błogosławieństwo i ocelenie życia. Nie był to jednak koniec niebezpieczeństw czychających an życie tego wielkiego człowieka. 13maja 1982 roku Juan Fernández Krohn ugodził lekko papieża w czasie nabożeństwa. Napastnik został szybko obezwładniony a papież dokończył nabożeństwo pomimo krwawienia.
Powstało wiele koncepcji wyjaśniających kto stał za zamachem na papieża. Ali Ağca nie był konsekwentny w swoich zeznaniach. Żadna z teorii nie jest poparta wystarczającymi dowodmi aby stwierdzić jej 100%-wą trafność. Podejrzewano władze ZSRR o zlecenie zamachu służbom specjalnym Bułgarii. CIA prowadziła śledztwo, które miało dowieść organizację spisku przez ZSRR.
Faktem jest dokument podpisny w 1979 roku przez przywódców Komitetu Centralnego KPZR, m.in. Michaiła Gorbaczowa. KC KPZR wydało KGB rozkaz „wykorzystania wszelkich dostępnych możliwości, by zapobiec nowemu kierunkowi w polityce, zapoczątkowanemu przez polskiego papieża, a w razie konieczności – sięgnąć po środki wykraczające poza dezinformację i dyskredytację”.
W 2006 włoskiego parlamentu powoł komisje badającą współpracę obywateli włoskich z KGB. Komisja stwierdziła odpowiedzialność I-go sekretarza KC KPZR Leonida Breżniewa za wydanie rozkazu zabicia papieża. Breżniew miał w tym poparcie Michaiła Gorbaczowa. Stwierdzono, ze KGB posłużyło się bułgarską SB, a ta z kolei zleciła Ali Agcy wykonanie egzekucji. Komisja nie była jednak w stanie poprzeć swojej tezy jednoznacznymi dowodami.
Prasa również prowadziła własne dochodzenie w tej sprawie. Francuska dziennikarka bułgarskiego pochodzenia wskazała na tajne struktury NATO – „Stay Behind”. Watykanista dziennika „La Repubblica” stwierdziła odpowiedzialność za zamach skrajnie prawicowej tureckiej organizacja terrorystycznej o nazwie Szare Wilki, Ali Agca był jej członkiem.
Sensacje XX Wieku Zamach na Papieża I 1 z 2
Sensacje XX Wieku Zamach na Papieża I 2 z 2
Sensacje XX Wieku Zamach na Papieża II 1 z 2